Durerile de stomac, balonarea, diareea și constipația sunt afecțiuni gastrointestinale comune. Multe persoane suferă de asemenea afecțiuni de origine neclară, deseori însoțite de oboseală și epuizare. Hipersensibilitățile alimentare pot declanșa aceste afecțiuni, printre ele și alergiile IgG-mediate, de tip III. Două afecțiuni gastrointestinale des întâlnite sunt sindromul colonului iritabil și boala Crohn.
Boala Crohn este o boală inflamatorie cronică. Alimentele pot declanșa aceste inflamații, de exemplu printr-o alergie alimentara IgG-mediată.